抗菌肽与细胞膜相互作用的粗粒化分子动力学模拟

根据实验研究，杆菌霉素D具有很强的抗菌活性，但其抗菌机理尚不清楚。在本项目中，通过粗粒分子动力学（CG MD）模拟研究了该环状脂肽与三种不同带电细胞膜之间的相互作用机理。建立了环状脂肽杆菌霉素D的特定CG模型。研究了环脂肽杆菌霉素D插入DOPC，DOPC / DPPA和DOPC / DOTAP细胞膜的过程。基于密度分布计算，分析和比较了杆菌霉素D在三种不同细胞膜中的位置分布和稳定性。另外，我们着重研究了带有负电荷或强疏水性的氨基酸残基与两种不同细胞膜的头基之间的径向分布函数（RDF）曲线。基于这三个膜曲率的变化，环状脂肽杆菌霉素D可以引起DOPC / DOTAP膜的局部表面突起，DOPC / DPPA膜的表面向内凹陷以及抑制DOPC膜的表面变形。这项研究将有助于进一步了解环状脂肽杆菌霉素D的抗菌机理，并为开发新的抗生素提供基础。DOPC / DPPA膜表面向内凹陷，并抑制DOPC膜表面变形。这项研究将有助于进一步了解环状脂肽杆菌霉素D的抗菌机理，并为开发新的抗生素提供基础。DOPC / DPPA膜表面向内凹陷，并抑制DOPC膜表面变形。这项研究将有助于进一步了解环状脂肽杆菌霉素D的抗菌机理，并为开发新的抗生素提供基础。