分子动力学模拟筛选mTOR1信号通路抑制剂
成功案例
雷帕霉素复合物1(mTORC1)的机制靶标过活跃与多种疾病(例如癌症和糖尿病)有关。可以通过有效抑制mTORC1来治疗,这可以通过防止精氨酸破坏mTORC1亚基1(CASTOR1)的细胞质精氨酸传感器而实现,该蛋白通过与CASTOR1结合而朝向RAGS亚复合物2(GATOR2)复合物活化。
抗菌肽与细胞膜相互作用的粗粒化分子动力学模拟
成功案例
根据实验研究,杆菌霉素D具有很强的抗菌活性,但其抗菌机理尚不清楚。在本项目中,通过粗粒分子动力学(CG MD)模拟研究了该环状脂肽与三种不同带电细胞膜之间的相互作用机理。建立了环状脂肽杆菌霉素D的特定CG模型。研究了环脂肽杆菌霉素D插入DOPC,DOPC / DPPA和DOPC / DOTAP细胞膜的过程。基于密度分布计算,分析和比较了杆菌霉素D在三种不同细胞膜中的位置分布和稳定性
LAMMPS反应力场计算激光烧蚀高分子
成功案例
本项目研究了某种聚合物高分子在激光照射下的化学反应。并分析了化学键的断裂能,激光烧蚀高分子聚合物过程,高分子聚合物混合体内部温度分布,化学组分变化以及应变应力变化。
利用密度泛函理论以及Hirshfeld Surface Analysis计算晶体分子的相关性质
成功案例
本项目中,利用密度泛函理论在量子力学的理论尺度计算了由一种小分子构成的晶体的相关性质,密度泛函理论计算出了其几何性质以及电性质,从而可得到其键长,键角等几何性质,以及HOMO/LUMO能级。此外还分析了Hirshfeld Surface Analysis。
利用分子对接虚拟筛选技术从化合物数据库中选择潜在的药物分子
成功案例
分子对接以及虚拟筛选技术在科学研究中有着举足轻重的地位,在筛选合成药物小分子中都扮演着重要的角色。正如2019年底武汉爆发的新型肺炎其感染源为CoronaVirus, 在面临着市面上并没有特效药的情况下,科学家可首选分子对接虚拟筛选技术迅速从化合物库里面选择出一些潜在的药物,进而进行体外实验以及临床试验,这样可大大降低药物研发的时间。
分子模拟在药剂学中的应用
成功案例
本项目研究加入离子液体后,某种常见的药物分子在水溶液中的溶解度是否有所增加。分析了离子液体与药物分子以及水分子之间的能量变化,范德华作用力以及静电作用力